Механизм почвенной фильтрации прост. Стоки канализации попадают внутрь септика самотеком. Септик разделяется на несколько камер при помощи перегородок. Незначительное количество нерастворимых остатков оседает на дно, основная же часть стоков, подвергается разложению и брожению. При разложении выделяются газы, чему способствуют анаэробные бактерии. Перегородки между соседними камерами устанавливают так, чтобы всплывшие частицы не проникали дальше, в следующую секцию. Таким образом, фильтрация осуществляется постепенно, шаг за шагом. В каждой последующей камере, степень загрязнения воды будет меньше, чем в предыдущей. Такой механизм фильтрации, позволяет очистить стоки на 45%-60%. В некоторых случаях, степень очистки может быть выше. Чтобы обеспечить максимальную степень очистки воды, необходимо использовать специальные фильтры.

Затем очистка продолжается, путем задействования фильтрующих свойств почвы: осветленные стоки равномерно размещаются по поверхности сооружения. После этого очистка происходит при помощи аэробных бактерий, которые питаются органикой и ее разлагают. Это сооружение может быть выполнено в виде подземного поля фильтрации или фильтрующего колодца. Пройдя все ступени очистки, стоки очищаются на 95%, что соответствует современным нормам санитарии. Это очень высокий показатель очистки, особенно для крупных городов-мегаполисов

Канализационная система, в которой используется биологическая глубокая очистка, считается моноблочной, так как в ней происходит очистка стоков на всех этапах, как аэробном, так и анаэробном. В камере септика создаются условия, схожие с системой очистки почвы. Электронный блок управления, периодически дает команду на включение компрессора, который подает свежий воздух в камеру. Аэрация при помощи компрессора в существенной степени ускоряет распад органики. При этом степень очистки стоков повышается до 97%.

В некоторых случаях, установка системы очистки с почвенной фильтрации, нельзя технически осуществить: почва имеет низкую степень водопроницаемости, либо не позволяет архитектура участка. Тогда стоит остановить выбор на канализационной системе глубокой очистки.

Фильтрация сточных вод глобальная проблема, с которой сталкиваются все крупные населенные пункты. Кроме уже имеющихся способов очистки, ведутся исследования в этой области, для разработки новых, высокотехнологичных методов очистки сточных вод.