Наиболее — распространенной и вредоносной является бурая пятнистость поражающая листья, молодую завязь и побеги. На пораженных листьях появляются небольшие округлые бурые пятна, которые затем сереют и окольцовываются бурой каймой.

При интенсивном развитии такие пятна сливаются, охватывая все листья, засыхают и осыпаются. На черешках пятна темно-коричневые, удлиненной формы с черной каймой, инфекция распространяется спорами, которые образуются на пятнах с нижней стороны листьев. На плодах у плодоножки появляются большие пятна. Пораженная ткань отстает в росте от здоровой, на ней образуются глубокие ранки.

Такие плоды засыхают, растрескиваются и преждевременно опадают. Пораженные ткани листьев или плодов обезвоживаются вследствие повышенного испарения. Плоды теряют более 30% массы ядра. На зеленых побегах образуются сероватые ранки. Растения, пострадавшие от марсонии, входят в зиму неподготовленными, ослабленными, часто подмерзают и в них снижается закладки плодовых почек. Развитию болезни способствуют атмосферные осадки в начале лета. При интенсивном поражении в конце июля — начале августа с деревьев осыпаются листья.

Симптомы поражения белой пятнистостью проявляются сначала в виде бледно-зеленых (до 2 см) пятен с нижней стороны листьев, которые позднее приобретают белую окраску. Сверху пятна неровные, словно гофрированные. Пораженная ткань отмирает, листья засыхают и опадают.

Филлостиктоз, аскохитоз — на листьях образуются мелкие коричневые многочисленные пятна. При засыхании пятна белеют, сливаются и охватывают большие участки листьев.

Пораженная ткань разделяется трещинами, направленными в разные стороны.

Возбудителем бактериальной пятнистости является палочковидные бактерии, которые находятся в клетках камбия и сосудистых волокнах. Заболеванием поражаются все надземные органы растений почки, листья, черешки, серьги, молодая завязь, плоды, одно- и двухлетние побеги. На листьях появляются мелкие прозрачные угловатые пятна, которые со временем приобретают темно-бурую окраску. Черенки истончаются и переламываются, из них выделяется темная жидкость. Почки чернеют и засыхают. Молодые побеги перестают расти, древесина в них буреет, начиная с верхушки. Болезнь больше поражает молодые листья, плоды или саженцы.

При поражении саженцев на корневой шейке образуется перетяжка. Далее растение не растет, а переламывается в месте перетяжки. На завязи, у плодоножки появляются круглые прозрачные пятна, которые затем чернеют, увеличиваются и углубляются. Затем гниль перемещается в ядро. Пораженные плоды чернеют и отстают в росте. Инфекция сохраняется в пораженных побегах. Бактерии распространяются с каплями дождя, насекомыми, птицами. Развитию заболевания приводит влажная погода, особенно в апреле-мае, когда температура воздуха не такая высокая, как летом.

Древесину и стволы грецкого ореха поражают также гнили: красно-бурая, желтоватая и белая. Возбудителями гнилей являются грибы, которые в процессе развития образуют шапки. При паразитировании грибов засыхают ветки, стволы переламываются при ветровалах.
Грецкий орех становится чувствительным к поражению пятнистости или другими болезнями вследствие почвенной засухи, повреждения морозами, резких колебаний температуры воздуха днем и ночью, культивирование на бедных с галькой почвах.

Для уменьшения распространения пятнистости растения опрыскивают осенью 7%-ным раствором (700 г на 10 л воды) карбамида. Такую обработку проводят именно осенью, а не весной, для того чтобы на листьях не образовались плодовые тела и сумкоспоры (марсония).
Весной, еще до распускания почек деревья обрабатывают 3%-ной бордоской жидкостью. В конце мая и еще дважды с интервалом 15-20 дней опрыскивают 1% — ной бордоской жидкостью. Во время цветения женских цветков и в жаркую сухую погоду опрыскивание фунгицидами, в состав которых входит медь, не проводят. Соблюдение этого требования предотвращает ожоги.

Для повышения иммунитета грецкого ореха к неблагоприятным факторам важное значение приобретает место посадки. Орех-дерево сильнорослое. Его размещают по схеме 15х15 м, что позволяет улучшить освещенность и циркуляцию воздуха в кроне, уменьшить поражения грибными болезнями и увеличить урожай плодов. Культивируя орех, выбирают стойкие к марсониозу или иной болезни растения и используют их плоды как маточные для выращивания саженцев, чтобы получать черенки с последующим тиражированием устойчивых сортов или форм.